Syphon Filter 3

Gabriel Logan, Lawrence Mujari e Lian Xing estão diante do túmulo de Teresa Lipan. Enquanto isso, o secretário de Estado Vincent Hadden cancela uma operação para capturar os protagonistas, afirmando que tem outros planos para Logan, planejando culpá-lo durante as audiências no Congresso.

No primeiro flashback, duas semanas antes da audiência, Logan é deixado por Xing no Hotel Fukushima em Tóquio, Japão, para assassinar um renegado general chinês Shi Hao, interrompendo o interrogatório deste último a um membro da JRA. Membros da JRA entram no hotel e fazem a filha do embaixador chinês como refém. Logan luta para escapar e resgata o refém. Ele fica sabendo que as audiências no Congresso foram agendadas.

Logan detalha sua operação de 1999 com Xing e Benton na Costa Rica antes do incidente em D.C. (os eventos originalmente descritos na abertura do primeiro jogo). Eles deveriam se encontrar com Ellis, apenas para encontrá-lo executado. Logan obtém amostras das plantas e destrói o helicóptero de Rhoemer enquanto Xing investiga o que o grupo de Rhoemer está cultivando. Logan persegue Rhoemer, desafiando a ordem de Benton de se reagrupar. Logan adquire um jipe ​​e segue Rhoemer até seu avião. Logan consegue embarcar no avião, mas é forçado a não matar o piloto para manter o avião no ar; ele atira em Rhoemer (vestindo a mesma armadura de Jason Chance), fazendo-o cair da parte de trás do porão de carga, embora Rhoemer eventualmente salte de paraquedas em segurança.

O próximo depoimento é de Mujari. Ele explica a primeira vez que teve contato com a Agência e o vírus Syphon Filter. Em 1984, ele trabalhava com o Conselho Nacional Africano em Mpumalanga, África do Sul, para libertar africanos escravizados sob o regime do apartheid. Mujari entra em um conjunto de túneis de mineração apenas para descobrir que seus esforços de resgate são em vão; todos os escravos estão mortos. Ele guarda as amostras sul-africanas; Lipan, que trabalha para a Agência, chega ao seu laboratório, vê as amostras e pede a Mujari que trabalhe no vírus para a Pharcom.

Quando chega a vez de Xing testemunhar, ela descreve os acontecimentos em Cabul, no Afeganistão, durante o conflito soviético em 1987 e o seu lado na operação na Costa Rica. No flashback anterior, ela é uma agente do MSS reunindo evidências dos movimentos das tropas soviéticas lideradas por Uri Gregorov. Ela é emboscada pelos soviéticos, mas resgatada por Logan, um Ranger do Exército dos EUA. Logan informa Xing sobre sua missão de entregar armas aos rebeldes locais, e Xing concorda em criar uma distração para ele. No último flashback, Xing descobre que Rhoemer sequestrou muitos cientistas e técnicos médicos de renome mundial para trabalhar em seus laboratórios. Benton ordena que Lian salve os cientistas para descobrir para que serviam as plantas. Ela também recebe ordens de coletar uma amostra do vírus, coletar discos de dados e destruir computadores que contenham os dados. Durante a missão, foi revelado que Elsa Weissinger era uma das técnicas de laboratório de Rhoemer. Também foi descoberto que as plantas são necessárias para a criação do vírus Syphon Filter.

Enquanto outros testemunham, Logan, com uma equipe do MI-6 liderada por Margeret Powers, rastreia uma das últimas remessas do vírus Syphon Filter para Dublin, na Irlanda. Logan planta explosivos no navio SS Lorelei e recupera o manifesto de embarque. Eles são atacados pelo IRA, que descobre os planos da Agência de entregar recipientes virais. É revelado que eles já haviam descarregado vários caminhões com o vírus enquanto as bombas eram plantadas no navio. Logan e a equipe impedem que os caminhões saiam da área enquanto eliminam um agente duplo.

Após sua missão na Irlanda, Logan testemunha sobre seu papel no Afeganistão em 1987, o que revela como ele e Ellis foram recrutados para a Agência. Logan, Ellis e Benton são os únicos sobreviventes de um comboio de suprimentos destruído. Ao entrar em Cabul, o desvio de Xing deixa a rota do comboio temporariamente desprotegida, com exceção de um tanque que guarda a praça da cidade. Gabe destrói o tanque usando um explosivo C-4 e revela a Hadden que o contato de Benton não é um rebelde afegão, mas um agente soviético. Benton não trabalha para a CIA, mas para a Agência, que fornece armas aos soviéticos. Porém, Benton mata o agente soviético e ordena aos protagonistas que deixem as armas para os rebeldes.

A inteligência de Logan leva Xing e Powers ao deserto de Tanami, na Austrália, onde Weissenger está comandando a parte médica da operação. Xing pretende sequestrar Weissenger, obter evidências fotográficas de genocídio, sabotar o grupo terrorista e resgatar os aborígines que serão executados em breve. Após o sequestro, Xing obriga Weissenger a sintetizar a vacina. Antes de sair para salvar os aldeões, Weissenger dá a Xing informações sobre Mara Aramov como uma apólice de seguro caso Aramov a traísse. Weissenger sai quando Xing retorna ao helicóptero.

Hadden acusa Logan de matar Lipan, mas a própria Teresa aparece e revela que fingiu sua morte. Ela testemunha sobre seu primeiro dia como agente da ATF em Western Montana, Paradise Ridge, durante