Flashback

O jogo começa com o protagonista, que tenta escapar dos Cyborgs usando uma jetbike. Infelizmente, seu veículo foi gravemente danificado e caiu na selva de Titã. Ele acorda depois de um tempo, encontra uma arma e mais tarde recupera um holocubo. Seu próprio holograma diz que ele é Conrad B. Hart, e ele precisa encontrar Ian em New Washington, dizendo que não está seguro. Depois de uma pequena viagem pela selva, ele conhece Bolton e pede para encontrar seu teletransportador para assistência médica. Depois de recuperar o teletransportador, ele se teletransporta deixando seu próprio cartão de identificação. Depois de se aventurar por um tempo, Conrad conhece Joe, ele diz que New Washington está no buraco atrás dele, mas é necessário um Cinturão Antigravidade. Para conseguir, ele pede várias frutas de Granada. Depois de trocarem o que os dois querem, Conrad pula no buraco e ativa o cinto para chegar com segurança a Nova Washington.

Perto da casa de Ian, ele ouve um Cyborg interrogando-o sobre um neurófago. Depois de salvá-lo, ele devolve uma parte de sua memória e um campo de força para protegê-lo das balas. Conrad então verifica sua realidade virtual GBI com um professor virtual, que zomba dele e lhe conta sua própria localização enigmática. Ele encontra um Memory Flash no local, para descobrir um acordo com alienígenas disfarçados na Torre da Morte. Conrad pede a Joe uma nova identidade para o programa de TV Death Tower. Joe diz que o custo é de 1.500 créditos e aponta o Centro de Administração para obter uma Permissão de Trabalho por um salário. Ele usa a carteira de identidade de Bolton para obter uma autorização de trabalho. Depois de fazer seu primeiro trabalho, ele ganha outro Memory Flash, sobre um encontro entre ele e o verdadeiro professor, contando que a Terra está sendo invadida silenciosamente por alienígenas apelidados de Morphs. Ele então fala sobre um neurófago que ele fez para destruir todos eles. À medida que realiza outros trabalhos, ele encontra outros pedaços de sua memória, bem como instruções para encontrar o neurófago e seu ativador. Com todo o salário que recebia em empregos, ele compra o que queria de Joe e entra no programa de TV Death Tower como Jay Carpenter.

Depois de vencer o show e conseguir uma passagem para a Terra, Conrad conversa com o locutor sobre como fechar o negócio. A metamorfose disfarçada então revela que eles têm o novo senador e Sonia, namorada de Conrad, e espera que sejam absorvidos pela Mente. Depois de matar o locutor, ele usa a passagem para a Terra para salvar Sônia e o planeta.

Eventualmente, ele é preso no espaçoporto da Terra por policiais ciborgues corrompidos, mas consegue escapar. Ele reencontra Ian, que diz que apagar a própria memória para enganá-los não funcionou, lembrando-o de que ele deu seu primeiro flashback, e revela que ele é um Morph, e o objetivo dos Morphs: aperfeiçoar a humanidade como uma entidade poderosa. Ele dá a Conrad seu doloroso último Flashback: mostrando que ele tinha um plano muito arriscado para ir ao mundo natal dos Morphs. Ele então dirige uma moto a jato, pergunta a Bolton onde está o senador e fala sobre o Paradise Club. Ao chegar lá, ele presencia um encontro entre o senador e os Morphs, que o absorveram, e fala sobre a colonização da Terra. A abertura onde ele está caiu com seu peso e está aprisionada por eles. Ele consegue escapar e encontra Ian mais uma vez, e o mata. Ele encontra um teletransportador que o leva ao seu mundo natal.

Após ser teletransportado, ele liberta o professor de sua prisão e diz a Conrad para se livrar de um cérebro auxiliar para que ele possa salvar Sonia. Depois disso, ele diz a ele para destruir a Mente e usar o neurófago no núcleo do planeta. Ao conhecer The Mind, ele tenta persuadir Conrad a ser absorvido por ele, apenas para ser ridicularizado, e diz que prefere ser ele mesmo. Depois de destruí-lo, Conrad libera o neurófago. Ao pedir desculpas a Sonia, o professor manda Conrad correr, pois há uma espaçonave não muito longe.

Conrad consegue deixar o Morph Planet vivo enquanto ele explode com a espaçonave. Ele tenta descobrir onde está no mapa, apenas para descobrir que sua posição é desconhecida. Infeliz, ao ir para seu quarto, seu holocube mostra um holograma de Conrad parabenizando-o. Conrad então entra em animação suspensa enquanto a espaçonave avança. Os créditos mostram as cutscenes, incluindo uma em que a animação suspensa termina quando ele acorda. A cena pós-créditos é uma discussão entre alguns personagens, com Sonia sentindo que Conrad ainda está vivo.