Teenage Mutant Ninja Turtles

A jogabilidade principal adapta vagamente os seguintes episódios da primeira temporada: "Things Change", "A Better Mouse Trap", "Attack of the Mouser"s, "Meet Casey Jones", "Nano", "Darkness on the Edge of Town", "The Way of Invisibility", "Notes From the Underground" (Partes 1-3) e "Return to New York" (Partes 1-3), bem como um nível que não é derivado da série animada.

Pouco depois de um grupo de robôs ratos destruir a antiga casa das tartarugas, elas começam a procurar um novo lar. Michelangelo eventualmente irrita Raphael, fazendo-o sair para a superfície. Na superfície, ele é confrontado pelos bandidos do Purple Dragon, Casey Jones e Dragonface. Baxter Stockman logo usa ninjas invisíveis com tecnologia de pés para capturar Raphael, e Donatello é forçado a resgatá-lo. Depois, enquanto Raphael e Michelangelo brigam por diversão, Donatello analisa um estranho cristal que encontrou em sua casa, notando que eles se parecem com células cerebrais mutantes. Raphael chuta Michelangelo contra uma parede, revelando um grande túnel atrás dela. O cristal de Donatello começa a brilhar e as tartarugas decidem investigar. Eles seguem o túnel e são confrontados por humanos geneticamente modificados. Depois de algumas brigas com esses mutantes, as tartarugas descobrem que esses mutantes foram transformados em seu estado atual por experimentos anteriores dos cientistas do Shredder. Os cristais que Donatello encontrou são a única coisa que mantém esses mutantes vivos e, como resultado, não podem deixar sua casa subterrânea. Eles imploram às tartarugas que derrotem Shredder, para que mais humanos não sofram como eles. As tartarugas decidem derrotar Shredder de uma vez por todas e prometem aos mutantes que voltarão para buscá-las se encontrarem uma maneira de reverter sua condição.