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O jogo se passa em 2037.

A história começa em 6 de fevereiro de 2036, quando um acidente envolvendo computadores enlouquecidos destrói muitas grandes cidades ao redor do mundo. O enorme desastre é chamado de “Problema de 2036”, mas há uma previsão de que haverá um incidente semelhante em 2038. Então, um grupo de cientistas usa o Supercomputador Gaia para criar um “Simulador da Terra” para evitar que isso aconteça, mas falha porque o potencial de nascimento humano caiu drasticamente.

Os cientistas então introduzem a fórmula "Mensagem de Arecibo" no Simulador da Terra, trazendo com sucesso a humanidade para outro mundo. Eles ficam entusiasmados no início, até perceberem que os próprios seres humanos no Simulador da Terra criaram outro Simulador da Terra. Os cientistas começam a suspeitar que eles são, na verdade, apenas o produto de um Simulador da Terra de criaturas cuja posição está acima deles.

A história gira em torno de Takaoka Pollon, um hacker que tem a capacidade de “Salvar e Carregar” como em um videogame. Usando seu Hacking Trigger System, ele pode intervir na linha do mundo ao seu redor.